PRLR 基因InDel检测及其与陕北白绒山羊生长性状的关联分析

摘要 [目的]探究催乳素受体（prolactin receptor，PRLR）基因InDel突变对绒山羊种群生长特性的影响。[方法]以陕北白绒山羊为研究对象，采用PCR扩增和测序技术法检测分析陕北白绒山羊 PRLR 基因的多态性，利用独立样本 t 检验和单因素方差法分析 PRLR基因 不同基因型与陕北白绒山羊生长性状之间的相关性。[结果]在所检测的1 176只陕北白绒山羊群体中， PRLR 基因第2内含子存在1个16 bp InDel突变，形成了纯合插入型（II）、杂合型（ID）与纯合缺失型（DD）3种基因型;在育成羊群体中，该InDel突变与生长性状无显著关联（ P >0.05），在成年羊群体中，InDel突变与管围性状显著相关（ P< 0.05）;在育成羊和成年羊全部群体中，InDel突变仍与管围性状显著相关（ P< 0.05）。[结论] PRLR 基因16 bp InDel突变可能会对陕北白绒山羊生长发育产生显著影响，该位点可作为陕北白绒山羊辅助育种的候选分子标记。

关键词 绒山羊;PRLR基因;InDel;生长性状;关联分析

中图分类号 S827  文献标识码 A  文章编号 0517-6611（2022）11-0085-04

doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2022.11.022

开放科学（资源服务）标识码（OSID）：

InDel Detection of  PRLR  Gene and Its Association Analysis with Growth Traits of Shanbei White Cashmere Goats

WANG Cong-liang，ZHANG Zheng-xuan，FU Qi et al

（Shaanxi Province Engineering & Technology Research Center of Cashmere Goats，Yulin University，Yulin，Shaanxi 719000）

Abstract [Objective]In order to investigate the effect of prolactin receptor（PRLR） gene InDel mutation on the growth characteristics of cashmere goat population.[Method]The Shanbei white cashmere goats were used as the research object，and used PCR amplification and direct sequencing techniques to detect the polymorphism of  PRLR  gene in Shanbei white cashmere goats，and analyzed the correlation between different genotypes of  PRLR  gene and growth traits of Shanbei white cashmere goats using independent sample  t -test and one-way ANOVA.[Result]The results showed that there was one 16 bp InDel mutation in intron 2 of the  PRLR  gene in the 1 176 Shanbei white cashmere goats population，and there were three genotypes：homozygous insertion type（II），heterozygous type（ID） and homozygous deletion type（DD），respectively.The InDel mutation was not significantly correlated with growth traits in the yearling goats population（ P >0.05），and was significantly correlated with the cannon circumference trait in the adult goats population（ P< 0.05）;In all of the goat population this InDel mutation was still significantly correlated with the cannon circumference trait（ P< 0.05）.[Conclusion]The 16 bp InDel mutation in  PRLR  gene may impose significant effect on the growth and development of Shanbei white cashmere goats，and this locus can be used as a candidate molecular marker for the auxiliary breeding of high-yielding Shanbei white cashmere goats.

Key words Cashmere goats; PRLR  gene;InDel;Growth traits;Association analysis

催乳素（Prolactin，PRL）主要是垂体前叶分泌的一种肽类激素[1]，仅包含1个跨膜区域的膜结合蛋白，最早发现于乳腺、卵巢、睾丸等组织，PRL通过与其受体（PRLR）结合作用于靶器官，参与调控乳腺发育、黄体生成、调节渗透压等及繁殖相关激素分泌等多种生理活动[2-3]。按照PRLR受体胞内域氨基酸数目和胞质区域组成可分为长型PRLR、中型PRLR和短型PRLR，其功能各不相同[4]。据报道，PRL在大鼠、绵羊和牛等多个物种内分布广泛，通过与不同PRLR受体亚型结合介导，作用于相应靶细胞质膜，进而发挥其生物学作用[5-6]。

PRLR 基因作为泌乳相关基因，研究人员发现， PRLR基 因与母猪总产仔数和产活仔数显著相关，可作为猪高产仔数性状的候选基因[7]，国内外研究人员就 PRLR 基因对畜禽泌乳和繁殖性状的影响展开大量研究。如， PRLR 基因侧翼区一处SNP突变与疆岳驴平均日泌乳量和乳蛋白率显著相关，可作为乳用型疆岳驴选育的有效DNA标记[8]。此外， PRLR基因 也可作为高产仔数和海门山羊选育的重要候选基因[9-10]。但 PRLR 基因多态并不是都与动物繁殖相关，如 PRLR基 因多个SNP突变位点与湖羊和济宁青山羊等数个品种的产羔性状无显著关联[11-12]。陕北白绒山羊作为优秀绒肉兼用品种，目前关于 PRLR基 因与陕北白绒山羊生产相关性状的研究较少[13]。为此，笔者采用PCR扩增和测序技术探究 PRLR 基因InDel多态性及其与不同陕北白绒山羊群体生产性状的相关性，以期为绒山羊的高效选育提供参考。

1 材料与方法

1.1 试验动物与基因组DNA

试验羊由陕西应马安绒山羊养殖公司提供，包括618只育成羊（1.0～1.5岁）和558只成年羊（1.5～4.0岁），均为雌性。剪取试验羊耳尖部约0.4 cm2耳组织储存在含有70 %乙醇的1.5 mL Eppedorff管中，同时测量试验羊体重、体高、体长、胸围、髋宽、管围、十字部高、胸深、胸宽、绒细度10个性状数据[14]。同时提取试验羊耳组织DNA[15]，-80 ℃保存备用。

1.2 主要试剂 琼脂糖、Marker 1和PCR Master Mix，均购自天根生化科技（北京）有限公司;EB核酸染料，购自生工生物工程（上海）股份有限公司。

1.3  PRLR 基因InDel目的片段的PCR扩增 参照文献[13]，选取 PRLR 基因第2内含子16 bp InDel突变位点（NC_030827.1.g.61200-61206，61209-61214，61298-61300 del GAGGGC-GGGAGGG-AAG）作为候选变异位点，并利用文献中的引物对候选变异位点进行多态性检测。 PRLR 基因的PCR扩增体系：PCR Master Mix 6.5 μL，上下游引物各0.3 μL，模板DNA 0.7 μL，ddH2O补至13 μL。PCR扩增程序：95 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s，56 ℃退火30 s，72 ℃延伸20 s，共38个循环;72 ℃再延伸10 min，4 ℃结束反应保存，扩增目的片段长度分别为143 bp和127 bp。PCR扩增产物进行3%琼脂糖凝胶电泳并鉴定分型，引物合成与PCR产物测序均由生工生物工程（上海）股份有限公司完成。

1.4 数据统计

利用Microsoft Excel 2018软件计算 PRLR 基因InDel突变位点的基因型频率和等位基因频率，使用Nei方法计算基因纯合度（Ho）、杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）和多态信息含量（PIC）等群体遗传学参数，使用在线平台SHEsis（https：//analysis.bio-x.cn）计算 PRLR 基因多态性是否处于哈代温伯格（HWE）平衡[16]。其生物统计模型为 Yijk=μ+Gi+Eij，其中μ为总体平均值，Gi为基因型固定效应，Eij 为随机误差。利用SPSS 23.0软件，分别运用独立样本 t 检验和单因素方差方法完成 PRLR基 因陕北白绒山羊育成羊和成年羊群体不同基因型与生长性状的关联分析;再利用Microsoft Excel 2018软件计算不同群体各个性状表型值的

平均值，用个体表型值减去平均值得到差值，运用单因素方

差方法分析不同基因型与陕北白绒山羊群体生长性状之间的差异显著性，其中育成羊和成年羊为一个整体，结果以“平均值±标准误”表示。

2 结果与分析

2.1  PRLR 基因InDel检测与分型 扩增产物经3.5%琼脂糖凝胶电泳，电泳结果见图1。陕北白绒山羊 PRLR 基因16 bp InDel位点（NC_030827.1.g.61200-61206，61209-61214，61298-61300 del GAGGGC-GGGAGGG-AAG）具有多态性，分别产生了纯合插入型（II，143 bp）、杂合型（ID，143 bp和127 bp）与纯合缺失型（DD，127 bp）3种基因型，产物测序结果见图2，测序结果与PCR扩增结果一致。

2.2  PRLR 基因遗传多样性  PRLR 基因16 bp InDel突变位点等位基因频率、基因型频率、多态性信息含量（PIC）等群体遗传学参数见表1。结果显示， PRLR 基因16 bp InDel突变位点在陕北白绒山羊育成羊、成年羊和全部群体中均属于低度多态（PIC<0.25），I型等位基因频率均高于D型;该突变位点在成年羊群体处于哈代温伯格平衡状态（ P >0.05），但在育成羊和全部群体中偏离了哈代温伯格平衡（ P< 0.05）。

2.3 不同陕北白绒山羊群体 PRLR 基因多态性与生长性状的相关性分析